교과부 지침의 구체적인 실정법의 근거와 관련해서도, 교과부가 훈령으로 학교폭력사안을 기재하도록 강제한 것은 국립학교를 제외한 공립 사립학교는 교육감의 지도・감독을 받는다고 규정한 초중등교육법 제6조를 정면으로 위반하여 교육감의 지도・감독권을 침해한 것이다. 나아가 초·중등교육법 제25조에서 열거하고 있는 학교생활기록 대상 자료의 범위를 벗어나 위임입법의 한계를 일탈하고 있어 명백히 법률유보원칙에 반하는 위법한 것이다. 왜냐하면 학교폭력 가해학생으로 조치를 받았다는 사실은 개인의 인격에 밀접히 연관된 민감한 정보로, 이러한 정보를 수집·보유하는 데 있어서는 법률의 명확한 수권이 필요함에도 교과부의 지침은 그 근거가 명확하지 않기 때문이다. 나아가 청소년을 범죄자로 낙인찍는 것을 방지하기 위해 소년보호사건에 관해 재판, 수사, 군사상 필요한 경우 외에는 어떠한 조회도 거부할 것을 명하고 있는 규정의 취지와 비교해보더라도 현재 교과부의 지침은 지나친 조치이다.

무엇보다 교육적인 관점에서 학교생활기록부 기재 강제는 지극히 비교육적인 결과를 초래할 것으로 판단된다. 징계기록이나 사회적 범죄기록을 학교생활기록부에 기재하도록 강제하지 않는 것은 아동・청소년 시기에 학교생활을 하면서 일시적으로 저지른 잘못된 행동이 그 학생의 일생을 좌우하는 낙인이 되는 것을 방지하고자 하는 교육적 배려가 그 안에는 담겨 있는 것이다. 학교폭력자치위원회의 조치 자체 만으로 충분히 가해학생의 반성을 이끌어내고 학교폭력의 재발을 방지할 수 있는 효과가 있음에도 불구하고, 그 기재의 강제를 통하여 추가적인 낙인효과를 가져오게 하는 것은 과도한 인권 침해인 동시에 지극히 비교육적인 처사가 아닐 수 없다. 국가인권위원회에서도 ‘인권친화적 학교문화 조성을 위한 종합정책권고’에서 학교폭력 문제를 언급하면서 교과부의 지침에 대하여 “학교폭력에 대한 이와 같은 운영방식은 그 기록이 장기간 유지되는 점으로 인해 입시 및 졸업 후 취직활동에도 영향을 미칠 수 있다는 점과 한 두 번의 일시적 문제행동으로 사회적 낙인이 찍힐 수 있는 점 등을 고려해 볼 때 과도한 조치”라고 판단된다고 하였다.

교과부의 위법적 지침에 대하여 교육감이 교과부의 지침을 거부하거나 그에 따른 기재를 보류하도록 하는 공문을 일선 학교에 시달한 것은 “학교의 설립자・경영자와 학교의 장은 헌법과 국제인권조약에 명시된 학생의 인권을 보장하여야 한다”는 초중등교육법 제18조의4에 따라 학교의 장에 대하여 지도・감독권을 행사한 것으로 보아야 한다. 그러므로 이러한 거부나 보류를 이유로 하여 교육청에 대하여 특별감사 등 조치를 하겠다는 교과부의 조치는 공립 및 사립 초중고등학교에 대한 교육감의 지도・감독권을 명백히 침해하는 조치이다.

학생들은 실수할 권리를 가진다. 실수는 또 다른 학습과 성장의 계기가 되어야 하는 것이지 그를 빌미로 그 학생에게 평생의 낙인이나 인격의 훼손을 가하여서는 아니된다. 하지만 교과부의 이 지침은 이런 당대의 상식적인 요청을 정면으로 부정한다.
이에 우리는 교과부의 학교폭력 가해학생 조치사항의 학생생활기록부 기록 지침이 헌법과 법률에 반하는 위법한 것임을 천명하며 교과부는 학생생활기록부 기록지침을 즉각 철회할 것을 요구한다. 아울러 교육감의 고유한 권한으로 실시되고 있는 지침 거부조치에 대해 가해지고 있는 교과부의 특별감사등 부당한 압력은 더 이상 계속되어서는 아니 된다. 교과부는 이를 즉각 시정할 것 또한 강력히 요구한다.